因为德川家打压天主教，以及九州地区大名的暴政，1637年，日本历史上最大的天主教起义爆发了。
天草四郎登场
宽永14年（1637年）12月初，起义军来到负责镇压天主教的代官所，杀死代官林兵左卫门，以此事件成为了开端，岛原之乱正式爆发了。
农民军发展很快，不久就蔓延到临近的天草诸岛，因此这场动乱也被称为岛原天草之乱。
天草诸岛本来是小西行长的领地，也是天主教盛行的地区，小西行长本人也是个吉利支丹，但他在关原之战战败后被斩首，于是这里被转封给寺泽广高。
信仰天主教的小西行长
当时小西行长有一名部下名叫益田好次，主君战败后回归田园去隐居了，而他的儿子益田四郎后来成为了这次起义的领导者。
益田四郎的生母就是天草诸岛的人，他也在这里长大，对当地风土人情十分了解，后来在长崎皈依了天主教。
岛原之乱爆发时，各领袖在汤岛举行了会谈，决定将当时年仅16岁的益田四郎推举为总指挥，可见他身上的领袖气质。益田四郎讳为“时贞”，因此被后人称为“天草四郎时贞”。
天草四郎
关于他的传闻有很多，有人说他是丰臣秀赖的庶子。也有人说他具有在海面上行走如飞的超能力。这些当然是不可能的，但可以肯定的是天草四郎是一个有学问有见识也有人格魅力的人。由此可见，此人和洪秀全还真有些相似之处。
起义军发起苛刻的天主教改宗运动
起义军逼迫其周围的人成为皈依天主教，反抗者就地处决，百姓们不得不加入天主教。通常的武装起义只会强行要求百姓入伙，而岛原之乱与通常情况不同的是要求改变信仰，这是以前没有出现过的情况。
除此以外，他们还对寺院和神社进行攻击，杀死僧侣和神官，波及面非常的广。没有争取不同信仰者，而是把他们逼入对立面，这也是起义军的一个败笔。
原城围城战
岛原半岛义军蜂起后，岛原藩派出讨伐军与之交战，征讨军采取疲敌之计，将起义军引诱到岛原城后加强防御，死守不出。起义军发起猛攻，并大肆破坏城下町等，但始终没能攻陷岛原城。
另一方面，天草一带的起义军也对官军发起进攻，攻入本渡城。之后又攻打了富冈城，但没有攻陷。
时间一天天过去，形势对起义军开始不利，虽然岛原藩的兵力不足以对抗起义军，但九州其他诸藩的军队很快就会支援过来。为了应对这一局面，起义军决定集中在之前有马家的居城原城迎敌。
当时义军总数为三万七千人左右，他们迅速修缮了荒废已久的原城，将其修筑成一座坚固的要塞。
幕府知道了动乱发生后，派遣了御书院笔头板仓重昌作为主将，石谷贞清为副将，率领的九州各藩的讨伐军包围原城，官军于12月10日和20日发动了两次猛攻，但全部失败。
原城城防坚固，起义军团结一致，战意很高。但讨伐军却是各藩的混合部队，而且指挥官板仓重昌只是一个很小的大名，直属于他的军队才不到一千人。而很多的九州的大名实力强大，对他不怎么服从。
比如佐贺藩的锅岛胜茂，足足拥有三万五千大军，而熊本藩的细川利忠也有两万三千五百人，这些强势的地头蛇不把板仓重昌放在眼里，打仗也是出工不出力，这才导致战事不顺。
幕府见作战不力，派出松平信纲作为第二位指挥官准备接替板仓重昌。板仓重昌得知这一消息后很着急，害怕功勋被夺走，于宽永15年（1638年）1月1日再次发起总攻。
这是一次冲动的军事行动，也没有什么周密的计划，只是强行进攻，因此不出意外遭到惨败，最终损兵四千，指挥官板仓重昌当场被铁炮（火绳枪）击毙。
幕府得到这一消息后大为震惊，于1月10日命令水野胜成和小笠原忠真率兵增援。
这样一来，在松平信纲上任后，讨伐军扩张到了12万以上规模，从陆地和海面上完全包围了原城。
松平信纲比板仓重昌谨慎得多，他认为原城并不大，但起义军规模不小，粮草难以坚持太久，于是派了细作混入城中，经过侦查确认了他的判断。
经过一番讨论，松平信纲制定了新的作战计划，决定先不急于进攻，而是要消磨义军的士气。
当时荷兰商馆馆长库克布克尔接受了长崎奉行的委托，派出炮舰德莱普号，从海上向城内进行了舰炮射击。虽然没有明显的效果，但是这给期盼葡萄牙援军的义军带来了极大的心理上的冲击，此后义军士气大跌。
这时候官军抓到了天草四郎的母亲和姐妹，逼迫他们写劝降信送到城中，不过被拒绝了。
起义军粮食短缺，就派人从原城的悬崖峭壁下到海里去挖海藻吃。松平信纲命人剖开一些起义军的尸体，发现他们胃里只有海藻，这证明义军已经要撑不住了。
2月24日，诸将聚集起来进行军议，户田氏铁主张继续打击敌方士气，而水野胜成主张进行总攻，因为如果长期无法镇压动乱的话，幕府就会威信扫地。松平信纲采纳了水野胜成的意见决定发起总攻。
由于当时阴雨连绵，火器无法使用，因此总攻被推迟到2月28日。但是兵力最多的锅岛胜茂为了争头功，提前一天发动了进攻，于是全军也一起发起总攻。
由于缺粮而且外援断绝，义军士气跌落谷底，很快原城就陷落了，所有义军全部遭到杀害，岛原之乱至此结束。
据幕府公开的信息，义军领袖天草四郎被细川家武士阵佐左卫门斩杀，首级被挂在原城三之丸的大门前。不过幕府方面并没有天草四郎的画像，所以很难断定此事的真伪。但幕府宣称是通过四郎的母亲判断的，因为死者和这个女子有些相像。
岛原之乱与天草四郎
战后，幕府对当地基督徒处置及为严酷，岛原半岛和天草群岛的天主教势力几乎被根除。
岛原之乱后，幕府加强了禁教政策，进而推行了彻底的锁国政策，直到两百多年后才被美国海军提督佩里敲开了国门。
